生物结构变异分析软件meerkat 0.189使用笔记(二)

一、 运行meerkat    前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用。     预处理生成的文件包括:     黑名单文件.gz     isinfo文件:包括插入大小信息     pdf文件:插入大小
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STREAM Benchmark及其操作性能分析

STREAM Benchmark及其操作性能分析文/raywill      STREAM 是业界广为流行的综合性内存带宽实际性能 测量 工具之一。随着处理器处理核心数量的增多,内存带宽对于提升整个系统性能越发重要,如果某个系统不能够足够迅速地将内存中的数据传输到处理器当中,若干处理核心就会处于等待数据的闲置状态,而这其中所产生的闲置时间不仅会降低系统的效率还会抵消多核心和高主频所带来的
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五种主要多核并行编程方法分析与比较

随着多核时代的到来与流行,传统的单线程串行程序的编程模式必将改变,取而代之的将是并行编程。目前已经有五种主要并行编程模型,下面将对此五种模型进行概括性的分析与比较:1. MPI  MPI(Message Passing Interface)消息传递接口是MPI论坛发布的一个库,而不是一门实现语言,支持C/C++/Fortran。是一种消息传递编程模型,为进程间通信服务。MPI提供了一种与平台无
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开源图像视频处理库

1. 计算机视觉库OepncvRecognition And Vision Library (RAVL) 是一个通用 C++ 库,包含计算机视觉、模式识别等模块。10. FFmepgFFmpeg是一个开源免费跨平台的视频和音频流方案。它提供了录制、转换以及流化音视频的完整解决方案。它包含了非常先进的音频/视频编解码库libavcodec,为了保证高可移植性和编解码质量,libavcodec里很多c
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Android应用程序结构

[选载]Google Android开发入门与实践  1. Android体系结构Android的软件层次结构包括一个操作系统,中间件,应用程序。其软件层次结构自上而下可分为: 应用程序 应用程序框架 各种库和Android的运行时环境 操作系统层 应用程序:以java语言编写,设计用户界面交互设计。Android本身提供了桌面,联系人,电话,浏览器等很多核心的应用。 应用程序框架:为应用程序提供
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Web开源框架大汇总

http://struts.apache.org/http://jakarta.apache.org/turbine/http://www.opensymphony.com/webwork/http://jakarta.apache.org/tapestry/http://www.springframework.org/https://appfuse.dev.java.net/http://coc
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solr完整教程

目 录     1      概述1.1      企业搜索引擎方案选型由于搜索引擎功能在门户社区中对提高用户体验有着重在门户社区中涉及大量需要搜索引擎的功能需求,目前在实现搜索引擎的方案上有集中方案可供选择: 1)    基于Lucene自己进行封装实现站内搜索。工作量及扩展性都较大,不采用。2)    调用Google、Baidu的API实现站内搜索。同第
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基于任务模型的并发编程(二)(翻译)

基于任务模型的并发编程(二)并发编程和多核编程 传统的顺序代码一个指令一个指令的执行,并不能充分的利用多核的优势,因为这些串行执行的指令仅仅能够运行在这些内核中的某一个。使用visual C# 2010编写的顺序代码,如果没有使用.NET 4.0提供的新特性将任务分派到多个核心上,那也是不能充分的利用多核心的优势的。对于已存的顺序代码并不存在一种自动的并发。 并发编程是一种代码充分的利用底层硬件提
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vtk类之vtkFixedPointVolumeRayCastMapper :一个固定像素点的体数据映射器

在vtkImageData中,绘制体数据一种软实现的光线投射算法。算法可以处理所有种类的数据类型,最多四种组件。算法可以采用复合或者MIP渲染方式,并且可以与几何数据混合起来渲染。设置采样间距space可以用来加速渲染进程。此外, 对于固定点精度是15的数据中,可以执行很好的计算。该算法是多线程的,可以跨多核心处理并行扫描。对于vtkVolumeRayCastMapper来说,该算法是一个很好的替
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Eclipse插件

SpringIDE:Eclipse平台下一个辅助开发插件】.WebWork  【Java开源 Web框架】WebWork是由OpenSymphony组织开发的,致力于组件化和代码重用的拉出式MVC模式J2EE Web框架。WebWork目前最新版本是2.1,现在的WebWork2.x前身是Rickard Oberg开发的WebWork,但现在WebWork已经被拆分成了Xwork1和WebWork
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多核处理器的关键技术

与单核处理器相比,多核处理器在体系结构、软件、功耗和安全性设计等方面面临着巨大的挑战,但也蕴含着巨大的潜能。CMP和SMT一样,致力于发掘计算的粗粒度并行性。CMP可以看做是随着大规模集成电路技术的发展,在芯片容量足够大时,就可以将大规模并行处理机结构中的SMP(对称多处理机)或DSM(分布共享处理机)节点集成到同一芯片内,各个处理器并行执行不同的线程或进程。在基于SMP结构的单芯片多处理机中,处
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语音数字信号处理技术应用 --- 创新点头脑风暴

最近在总结语音数字信号处理的应用,发现应用真是五花八门,这在我介绍一些,大家可以去补充或一些自己觉得会比较好玩的应用。1. 音频后处理,如低音特效,环绕,3D效果。 代表技术或公司:DOLBY, DTS(SRS), Qsound, 还有新秀: Sontia.介绍一下Sontia: www.sontia.com    自2004年起,Sontia发明,开发,并获得了许多音频技术的专利,其中以音频品
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[转]Linux下实用的查看内存和多核CPU状态命令

查看多核CPU命令 mpstat -P ALL  和  sar -P ALL  说明:sar -P ALL > aaa.txt   重定向输出内容到文件 aaa.txt top命令经常用来监控linux的系统状况,比如cpu、内存的使用,程序员基本都知道这个命令,但比较奇怪的是能用好它的人却很少,例如top监控视图中内存数值的含义就有不少的曲解。 top进入视图top视图 01【top视图 01】
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转载:搭建Silverlight 5中文开发环境

Silverlight 5已于美国时间2011年12月9日正式发布,其在 Silverlight 4 的基础上新增了 40 多个新功能,完善了媒体支持并提供了更加丰富了用户界面。这个版本带来了很多改进,大家可以通过官方列表了解详情,或者点击此网页查看来自Pete Brown的多个视频介绍。下面是对Silverlight 5新增功能的简要总结:强数据绑定功能,包括上级绑定、隐式数据模板、自定义标签扩
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[续] Matlab 并行编程——多核 多线程

http://www.ilovematlab.cn/thread-24488-1-1.html关于MATLAB多线程计算(单核下和双核下的)曾在一下帖子中看到如下讨论。本人没有搜索到‘多线程’的相关贴子,能请高人在此指点一下吗?不胜感激!http://www.ilovematlab.cn/thread-16397-1-1.htmlhttp://www.zhizhihu.com/html/y2010
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Silverlight开发MMORPG游戏研讨(1):游戏布局

前言      合理的窗口尺寸 在浏览器打开一个silverlight应用程序,尤其是silverlight游戏,第一个主观印象可能是窗口尺寸。玩rpg游戏,玩家当然希望可视的空间大一些,视野开阔一点。由于silverlight是基于浏览器的(暂不考虑独立于浏览器运行和全屏模式),窗口尺寸受制于浏览器的可视窗口大小(去除菜单栏,工具栏,状态栏),同时也受制于显卡分辨率的设置,所以很难用一个固定的窗
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常见3D物理引擎概述

今天帮朋友找3D物理引擎的资料,以前也看过那么多了,一直没有总结过,今天顺便整理一下.1.  Havok:老牌的君王,支持功能如下:http://www.havok.comCollision Detection - including Continuous Physics™MOPP™ Technology - for compact representation of large collisio
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[转帖]双剑合璧:CPU+GPU异构计算完全解析

引用自:http://tech.sina.com.cn/mobile/n/2011-06-20/18371792199.shtml这篇文章写的深入浅出,把异构计算的思想和行业趋势描述的非常清楚,难得一见的好文章。按捺不住转一下。^_^ 相对于串行计算,并行计算可以划分成时间并行和空间并行。时间并行即流水线技术,空间并行使用多个处理器执行并发计算,当前研究的主要是空间的并行问题。以程序和算法设计人员
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